"достаточно взять её фундаментальные тексты и заявления руководящих органов, как с лёгкостью обнаружится, что священные тексты полны абсурдных и аморальных утверждений, глядя на которые кому-то очень сложно будет убедить меня, что они были написаны метафорическим языком."
У религии не может быть руководящих органов, они бывают только у организаций, которые столь же несовершенны, как и сами люди. Неудивительно, что там случается всякое. Удивительно было бы, если бы не случалось.
Что же касается абсурдных и аморальных утверждений - даже если они там есть, разве это проблема? Проблемой было бы, если бы там ничего не было, кроме них. В противном случае, разумный подход - выбирать лучшее во всём, т.е. не выплескивать воду вместе с ребенком.
Тем более что суть учения всех монотеистических религий не абсурдна и не аморальна, это любовь. Если забыть о том, что суть религии в любви, и вынести на первый план что-то другое - сотворение мира, принцип "око за око", неравенство полов, привилегированное положение духовенства или что угодно ещё - тогда конечно религия легко станет и абсурдной, и аморальной, и вредоносной. Но это уже наши манипуляции, как вы верно отметили в своём пояснении у вопросу.