Как появляются слова-исключения? Почему серебрЯНый, но оловЯННый?

Если совсем в двух словах…

Было два суффикса -ан-/-ян- и -ьн- ("ь" - это сверхкраткая "е"). Сначала образовывалось одно прилагательное, затем от него ещё одно.

Например: дерево - деревяной (деревяной лист - древесный лист, лист дерева) - деревяньный лист (лист, сделанный из "деревяного", древесного материала).

Потом произошло падение редуцированных, и "ь" перестал означать отдельный звук и исчез. Оба варианта прилагательных стали произноситься практически одинаково, да и по смыслу во много друг друга дублировали (например, разницы между "кожаный мяч" и "кожаньный мяч" нет вообще никакой), поэтому две формы оказались лишними и стали приходить к одной.

На всё это наложилось три правила ударения при образовании прилагательных. 

1) Если ударение всегда на основе - то оно остаётся на основе.

2) Если ударение на окончании, оно падает на новый суффикс прилагательного.

3) Если ударение плавающее - оно переносится на окончание.

И вот как менялись слова:

1) Существительные первого типа.

кожа, кожи, кожей - правило 1 - кожаный - правило 1 - кожанный.

глина, глины, глиной - правило 1 - глиняный - правило 1 - глинянный

Простое и безболезненное объединение двух форм в одну, удаление лишней согласной - получили современные слова типа "кожаный" и "глиняный".

3) Существительные третьего типа (нет, это не опечатка).

серебро, серебра, серебром - правило 2 - серебряный - правило 1 - серебрянный

толокно, толокна, толокном - правила 2 - толокняный - правило 1 - толокнянный

Тут тоже всё просто - слова произносятся одинаково, "нн" сокращается тоже без всяких последствий. Единственный затык - это то, что ближе к современному русскому, ударения в таких словах стали немного переезжать ближе к основе (например, у "толокна" сейчас множественное число "толокна" - в современном языке у него плавающее ударение).

2) существительные второго типа.

олово, олова (старое мн.число - опять-таки, ударения в современном языке иногда переезжают на основу) - правило 3 - оловяной - правило 2 - оловянный

вода, воды - правило 3 - водяной - правило 2 - водянный

дерево, дерева, деревья - правило 3 - деревяной - правило 2 - деревянный.

Вот тут сложно. "Деревянный" и "деревяной" - как-то не очень похожи по произношению. И эта группа слов очень долго металась между этими вариантами, каждый писал, как хотел. Устаканилось всё аж к девятнадцатому веку (а для переводчиков с Aliexpress не устаканилось и по сей день) - большинство слов остались с окончанием на последнюю гласную, а вот "деревянный" и "оловянный" - сохранили другой вариант. Почему? Сложно сказать, тут просто так сложилось. Возможно, если бы у нас распространился не древнерусский ("дерево" - "деревяной"), а церковно-славянский ("древо" - "древяной") вариант, то этого исключения бы не было.

Как-то так. То есть, слова-исключения появляются потому что на каком-то этапе истории существовали правила, по которым эти самые слова были вполне себе нормальными, и эта "нормальность" для некоторых слов сохранилась и передалась дальше, потому что их форма оказалась, ну, достаточно удобной для речи, достаточно понятной и достаточно приятной на слух, чтобы выжить, когда остальные слова из этого правила начали уходить и меняться.

Ах да, слово "стеклянный" стоит немного особняком, потому что оно относилось к третьему типу, но было особенным - у него не было длинных гласных, и оно писалось как стьклъ - соответственно, с прилагательным стькльнъ. После падения редуцированных от него осталась форма "стклен", которая настолько зубодробительная, что не сохранилась ни в каком виде, но именно от неё слово "стеклянный" унаследовало вот эту сильную "н", которая в современном языке стала выражаться сдвоенной -нн-. Так что это слово - исключение из исключения =)