@Егор Доморанский, давайте так - уберем, для начала, высказывание "доказанный наукой", просто потому, что утверждение - "тело стало обладателем некой сущности (в человеке их три)" - наукой тоже не доказано)))
Мы (точнее, Вы в своем вопросе) исключили влияние неизвестной всемогущей сущности под псевдонимом "бог" на происходящее. Тогда логично предположить, что все, в том числе человеческое тело и поселившаяся в нем, по Вашему утверждению, сущность, появилось совершенно самостоятельно в силу законов того, что мы называем природой.
Наука нам подсказывает способ такой трансформации - эволюция. Физико-химические процессы в веществе, изначально "косном".
Кстати, наблюдая поведение различных биологических организмов, легко проследить, как они, с увеличением сложности строения, становятся все более "разумными" в плане поведения. На каком уровне "разумности" Вы решите называть их живыми? Вирусы? Бактерии? Многоклеточные? Беспозвоночные?
В любом случае Вы наткнетесь на переход - вот это не живое, а вот это - живое. И, начиная с вирусов, можно доказать эволюционное происхождение всех более сложных организмов. А вирусы уже вовсю искусственные создают.
Т.е эволюционная теория вполне подходит для обьяснения, откуда взялась сущность.