Поскольку праславянский язык является праязыком, то есть таким языком, из которого возникли остальные языки определённого таксона в классификации языков (в нашем случае — славянской группы, отсюда второе название праславянского — общеславянский), его реконструкция осуществляется методом сравнительно-исторического языкознания.
В общих словах, учёные-лингвисты устанавливают степень родства между исследуемыми языками (например, среди славянских языков выделяются ветви, внутри них — группы, подгруппы, внутри языков — диалекты, говоры и их группы и т. д.), а также с языками народов, проживавших в непосредственной близости с ними (так как контакт приводил к заимствованиям), исследуют процессы развития этих языков, на выходе получая реконструкцию.
Так как я не лингвист, не могу сказать, как именно это происходит. Но нашёл пару научных статей, в которых описан ход реконструкции отдельных разделов праславянского языка (в силу незнания специальной терминологии оценить оные не смог):
- Саенко М. Н. Реконструкция праславянского списка Сводеша // Вопросы языкового родства : науч. журнал. М. : Сектор лингв. компаративистики Отд. науч. исслед. ИВКА РГГУ, ИЯ ОИФН РАН, 2013. № 10. С. 139—148.
- Дыбо В. А. Славянская акцентология. Опыт реконструкции системы акцентных парадигм в праславянском. М. : Ордена Трудового Крас. Знамени Изд-во «Наука», 1981. 272 с.
В первой статье были реконструированы праславянские слова из списка Сводеша (набора базовых лексем, упорядоченных по убыванию их исторической устойчивости), во второй — системы акцентных парадигм, то есть парадигм ударения.