Духовное - это моральная, оценочная категория. Наука - нейтральна и безоценочна. Я говорю о точных данных, что там говорят гуманитарные науки - это ведь точной науке не авторитет. Да и к духовному они имеют отношение не более, чем описательно. Таким образом научную истину следует отделять от духовного, они не пересекаются.
Для атеистов духовное возникает и существует в социуме согласно его требованиям. Стоит это называть моралью, а не духовностью. Недаром Ницше обличал мещанскую мораль, к тому же мораль одной социальной группы может разительно отличаться от морали другой социальной группы.
Пример из моего личного опыта: в российской деревне люди настолько общительны и тесно взаимодействуют друг с другом, что иногда становится тесно в условиях постоянного нарушения твоих личных границ. В швейцарской деревне люди, с точностью до наоборот, очень скупы на слова (wortkarg), очень скрытны и недоверчивы (в процветающей Швейцарии по-прежнему процветает и ксенофобия). Слова из этих людей не вытянешь, а каждый вопрос - посягательство на "чужую территорию", неуместное любопытство (правда, это касается только деревни). Что лучше? Это не имеет отношения к духовности, но имеет прямое отношение к моральному поведению, к достойному, добропорядочному поведению согласно местным, как правило, негласным и часто иррациональным нормам.
Итак, социум не формирует или очень редко формирует истинную духовность. Что будем делать, будем отрицать её существование, или необходимость? И существуют ли вообще некие духовные истины?
Так вот истинная духовность основана на ценностях, которые являются более высокими, чем собственно, социальные (см. пирамиду Маслоу) и не основываются на непременном самоутверждении себя через завоевание уважения, успеха любой ценой (в том числе в ущерб истинному предназначению), через власть, через накопительство материальных ценностей и так далее. Высшие ценности они другие. Никто не сказал, что имея их, надо от всего отказаться. Дело в акцентах. Главное преимущество при смещении акцента на высшие ценности - всё преходящее не так страшно терять, а человек ощущает себя более свободным и счастливым.
Духовное имеет отношение к экзистенциальным вопросам. А в экзистенциальном поиске также нужны ответы и есть свои истины, причем эти истины - высшего порядка, как и сам уровень духовных потребностей. Из сказанного понятно, что искать эти истины через точную науку не имеет смысла (разве что для косвенного подкрепления). А также понятно, что эти истины превосходят научные по уровню, по статусу, по жизненной необходимости.