Что может говорить о человеке привычка "угукать" в процессе диалога?

Ничего далеко идущего. Привычки-паразиты есть у каждого, только разные. Как она появилась - это и могло бы хоть что-то сказать, но, скорей всего, просто перенял, заразился, так сказать.
Ну, если все же повысасывать из пальца, у него есть/была небольшая неосознанная боязнь расстроить собеседника невниманием, чуток обманчивого подобострастия в этом угугуканье уловить, наверное, можно. Возможен эффект мужа, читающего газету, когда жена ему про подруг с работы рассказывает - изображение внимания. Это само по себе ерунда, но в редких случаях может дойти и до драки))

Причина одна, потому что коротко и ясно. А привычка "угукать" без дела это уже банальное невежество. Можно выразить нежелание общаться, В конце концов, может человек принимает пищу, зубы болят. Одно понятно, что вас услышали.

О том, что он хотя бы создает видимость того, что вас слышит и пытается дать обратную связь. Думаю, что стоит довольствоваться и таким, не самый плохой вариант.)