Отличаются только субьективностью и объективностью. Религия это личностное переживание верующего. Наука - восироизводимый факт. Бог не познаваем в приныпе поскольку он существует вне законов тварного (сотворенного им) мира. Верующий не должен искать доказательств существания Бога. Ученый же не должен принимать ничего на веру (но частенько принимает создавая псевнаучные секты).
Разумеется, их трактовкой. Наука рассматривает факты как кирпичики в пирамиде мироздания. Каждый из них связан и обусловлен другими. Все вместе - они выстроены в логически цельное и непротиворечивое единство знания. Религия смешивает факты с видимостью, кажимостью о них. Не пытаясь проникнуть в их существо. Оно\существо ею\религией не исследуется, провозглашается.
Тем, что "ответчики-"атеисты", отвечая на этот вопрос, показывают пальцем на Энштейна и Ньютона, а верующие - на Бога. То и другое в доказательствах не нуждается, а требует только отключения критики, т.е. слепой веры.