Ценностями атеист движем, как все остальные. Они не не просто даются извне, а всегда переживаются (экзистенциальный аспект). Именно потому формальная мораль (что должно быть, декларируется) всегда идет параллельно реальной (что и как реализуется на практике).
Нельзя дать ненужное. Свобода там, где она по воле, а не обязанности.
Никак не опровергает. Свобода воли выдумка, которую опровергать не нужно. Также, как не нужно опровергать религию и мораль. Атеизм ничего этого не опровергает, он просто выше этих праздных вопросов.