Аккумуляторы уже имеют отработанную технологию (производства, зарядки, контроля). У конденсаторов пока меньше ёмкость.
Если бытовой/коммерческий транспорт - надо сравнивать стоимость под конкретный проект.
Если что-то экзотическое (летучее, скоростное...) - тоже надо считать, под основную задачу.