Так уж сложилось исторически, что быть содомитом являлось страшным грехом в том числе и в религии. Дело тут в 2 причинах:
1) Геи не размножаются сами по себе, а значит не выполняют для государства важную функцию: увеличение населения. Это сейчас можно с помощью современной медицины сделать своего ребенка на стороне. А тогда просто родить ребенка было проблемой: многие умирали при родах. Это и является причина того, что религия считает гомосексуализм грехом (Хотя в принципе все авраамические религии считают грехом любой половой акт, который не был попыткой зачатия детей, неважно, будь то гомосексуализм, зоофилию либо же просто поход к путане)
2) Геи были в основе своей порицаемы в мужском обществе. Считается по двум теориям: первая - классические альфы и омеги. То есть, мужчины, которые не тянут на альфа-самцов пытаются им подражать возвышаясь над теми, кто ниже их по статусу. А это геи. И вот унижения и гнобление геев единственный способ самого допотопного омеги
Вторая: самостоятельных страх натуралов стать геями. Ну или же страх, что геи тебя могут того. Глаз положить на тебя.
Но не только ради размножения же, люди сексом занимаются, те же натуралы, есть контрацепция, чайлдфри и тп.
Причина проста. Здравый смысл.
Может покусали в детстве...кто ж знает. Вообще термин гомофобия неправильно применяется в большинстве случаев. Фобия это боязнь, причем обычно немотивированная. А гомосексуалистов не боятся. Не понимают - да. Испытывают отвращение - тоже бывает. Так что если хотите полный ответ пишите ваше определение термина.