Если рассматривать вопрос с точки зрения клиента, то однозначно Метрика, поскольку ему значительно меньше времени потребуется на освоение интерфейса, плюс основную информацию сразу получаешь на первом же экране на интуитивно понятных графиках. Сколько не показывал аналитику на обучении, постоянно первая реакция заказчика - ступор, особенно когда на аккаунте не один сайт.
Если рассматривать с точки зрения оптимизатора и маркетолога, то я бы однозначно использовал оба сервиса. Данные в сервисах отличаются, отказы вообще считаются по разному алгоритму. Если важна точность, то нужно снимать показатели в обоих кабинетах и приводить в отчете средние цифры. В отчете Метрику использовал бы для основных показателей конверсии, а аналитику для сквозной аналитики и других сложных отчетов.