После сбора кофе ягоды обрабатывают. Самая распространённая методика обработки - мытая. Использует большое количество воды. По сути это процесс ферментации. После ферментации в воде содержится большое количество кислот и вода попросту сливается в землю. Как вы понимаете, для почвы это не самое полезное действие.
И выращивание чая, и выращивание кофе предполагает вырубку лесов под плантации. Здесь кофе наносит чуть меньше вреда - так как для правильного выращивания кофе требуется, чтобы ягода находилась в тени. Поэтому часть леса оставляют.
И при производстве чая и при производстве кофе используют специальные обжарочные аппараты. Так что доля загрязнения СО/СО2 у обоих одинаковая.
В целом любое промышленное производство, тем более в таких масштабах, будет наносить вред природе