Действительно, генетические особенности, в том числе и метаболизм, имеют большое значение при занятиях физической культурой и спортом. Также у разных людей есть разная предрасположенность к тому или иному виду спорта, но это также по большей части относится к генетике.
Если, как вы говорите, за основу следует брать двух спортсменов, у которых одинаковый режим дня, генетические особенности, состояние здоровья и методика тренировки, а вариант ответа про генетические особенности не устроил, то остается только психологический фактор. Это может быть различная мотивация у спортсменов, либо различная психологическая подготовка.
Общая психологическая подготовка спортсменов представляет собой воспитательную и идейную работу со спортсменами, которая направлена на создание психологической готовности спортсмена.
Психологическая подготовка с одной стороны помогает формированию моральных черт личности, идейных установок, необходимой мотивации и т.д., а с другой способствует развитию определенных психических процессов и функций, которые необходимы для успешного результата на соревнованиях. Например, такими процессами могут быть ощущение и восприятие спортсмена во время соревнований (так называемое «чувство мяча» в баскетболе, футболе и т.д.), внимание и реакция, память и т.д.
Так, даже тренируясь по единой методике и имея изначально одинаковые врожденные особенности, спортсмены могут достигать различных результатов ввиду психологических особенностей.