В своем опыте я встречал "закладки" от предыдущих подрядчиков - это могут быть неочевидные конструкции в robots.txt, которые созданы только для пропадения некоторых страниц из индекса.
Кроме этого программисты могут оставлять закладки, которые даже не видны ни паукам сканирующим сайт, ни самому пользователю. Например ссылки на "взрослые" сайты, которые появляются только в момент когда заходит поисковый бот.
Если компания дорожит своим именеем - таких грубых нарушей произойти не должно. Но могут просто-напросто снять ссылки и понизить качество и количество ссылочного профиля - тут нужно посмотреть договор, имеют ли право они так сделать.
Чтобы избежать потерь можно сделать текущий слепок сайта (до момента начала разговора с подрядчиком о расторжении договора), а также собрать ссылочный профиль. Для этого можно изучить его в Google Search Console и Яндекс Вебмастере. Если будут подвижки в нехорошую сторону после этого - всегда можно обратиться в компанию и желательно не делать это с претензией, а просто по факту произошедшего провести беседу. Если подрядчик поймет, что вы заметили определенные манипуляции - скорее всего произведут откат подобных изменений.