Все от задач зависит. Хотите серьезной вдумчивой работы - надо выбирать профильное и небольшое агентство. Важно смотреть на аккаунта, который будет вести проект - многое от него зависит. Если надо выстраиваться сетку сайтов, то здесь крупная контора подойдет - там экспертизы гораздо больше, но и ценник тоже.
Очень много деталей и тонкостей. Не забывайте, что про вас могут забыть в любом агентстве, это же SEO.
Старайтесь собрать побольше информацией о компании в интернете - отзывы, аккаунты в социальных сетях и прочее. У современной, открытой компанией должны быть и активные аккаунты в соц сетях, достаточное количество отзывов, включая отрицательные (всем понравится невозможно). Обратите внимание как компания отвечает на отзывы и реагирует на критику.