В жилищном кодексе нет отдельных процедур для объединения квартир. Перепланировка внутри одной квартиры или объединение двух в одну — это юридически схожие процедуры.
Самым простым вариантом будет объединять квартиры на стадии строительства
Необходимо обратиться к застройщику, он проведет сам все изменения и согласует в экспертизе. За это, скорее всего, он возьмет за это плату, но зато сам переделает все бумаги. Это будет дешевле, чем согласовывать объединение квартир уже после постройки дома. А вы сразу получите объединенную квартиру.
Согласовать объединение квартир на вторичном рынке труднее.
Необходимо
Собрать все документы.
Заказать в проектной организации проект перепланировки.
Согласовать проект и получить разрешение на проведение строительных работ. Этим занимается обычно сам проектировщик.
Получить разрешение на перепланировку.
Провести ремонтные работы.
Сдать работы надзорным органам.
Получить новый техпаспорт на объединенные квартиры.
Внести изменения в ЕГРН и получить новую выписку.
Объединить лицевые счета.
Дыра в квартиру выше зависит от конструктива здания и этажности. Нужно получить разрешение на реконструкцию от застройщика или конкретного архитектора (если дом строился по индивидуальному проекту). Лестницу вверх размером в комнату - любой каприз за ваши деньги. Вопрос в эстетике (нужна ли лестница размером в комнату?) и согласовании проекта.