Добрый день.
Для начала вам необходимо обратиться в дизайн бюро, которое компетентно в данном вопросе. Например, на Ленинском проспекте много двухэтажный квартир.
Вы выбираете себе подходящий проект и начинаете по нему работать. Если вы оформляйте договор с авторским надзором, то большинство действий за вас выполняют сотрудники этого бюро. Во втором варианте вы получаете готовый проект, прощаетесь с бюро и начинаете всё делать самостоятельно. Для начала вам необходимо оформить перепланировку, согласно вашему проекту. Согласовываете и начинаете воплощать все ваши желания по перепланировке.
Почему я так уверенно пишу? Мой близкий друг купил 2 квартиры
на Ленинском (одна над другой), согласовал перепланировки, сделал лестницу и шикарный ремонт за 2,5 года. За время ремонта он так задолбался ходить по этой лестнице, что в конце принял решение строить себе одноэтажный загородный дом. А квартиру продал.