Можно ли сказать, что религия делает человека плохим, эгоистом, потому что он делает добро, исходя из мысли попасть в Рай?

Такого быть не может, если человек идет по-настоящему духовным путем. Погружаясь в свою душу все глубже и глубже, он неизбежно начинает видеть и осознавать, что любое его добро с червоточинкой не только эгоизма, но и гордыни, тщеславия, например. Смысл в православии, например, в том, чтобы ясно ощутить, что для спасения (попадения в Рай в Вашем варианте) нужна связь с Христом через Таинства Церкви, изучение и воплощение веры, ибо человеческих сил и качеств на это недостаточно. Да и судить не нам, добро ли мы в итоге сделали или зло из благих намерений, это только жизнь показывает и Бог нам , конечно. Святые Отцы много писали о том, что истинно верующий человек все больше и больше начинает видеть свою греховность, а вовсе не добродетельность. Всего 10 заповедей, вполне разумных даны человеку, но как только человек сознательно берется следить за их выполнением со своей стороны, быстро убеждается, что это неподъемный труд. Поэтому добродетель, открывающая двери в Рай одна - искреннее покаяние. 

Здравствуйте. Религия религии рознь. Если в своем вопросе Вы имели ввиду христианство, то непонятно, с чего Вы взяли, что христиане делают добро из меркантильных целей? Это примитивная религиозность, свойственная, скорее, язычникам (задабривание божков). Христианство не имеет целью сделать человека плохим, эгоистом. Его цель диаметрально противоположна.