Фрилансер- по определению человек, который получает деньги за выполненную работу. У него нет оклада и выплат два раза в месяц.
Соответственно, обычно это замотивированные люди, которые и сами заинтересованы выполнить задачи в срок. Если же фрилансер пропадает, это обидно, но это не фрилансер и нет смысла его мотивировать.
В целом (хотя зависит от специализации фрилансера и поставленных задач на проекте) проект можно разбить на более мелкие составляющие задачи, и привязать оплату к выполнению каждой из них в определенные сроки.
Например, общая сумма гонорара 50 тыс руб. Есть 5 задач, включающихся в проект. В зависимости от степени важности и объема трудозатрат, расходования ресурсов фрилансера (если не представляет их заказчик) распределение выплат может быть таким:
Задача 1. 5% от общей суммы при выполнении к такому то сроку
Задача 2. 15%.....
Задача 3. 25%....
Задача 4. 25%....
Задача 5. 30%....
Очень схематично описала, но думаю понятно.