Зависит от того, что за сфера. Если говорить, к примеру, про таргетолога, то очевидно, на мой взгляд: помимо гонорара-"оклада" выстроить дополнительную материальную мотивацию с привязкой к результатам рекламы. Такое на удивление встречается довольно редко среди фрилансеров.
Но, к примеру, если мы говорим про создание сайтов, то мне тяжело придумать тут какую-то систему мотивации.