Мне кажется, ответ на Ваш вопрос стоит искать не в логике мира, а в логике самого произведения. Обратим внимание на другие имена волшебников: Сириус Блэк, Северус Снейп. Эти имена -- говорящие, сложные. Имя Гермионы, на самом деле, тоже имеет особую смысловую нагрузку.
Связано это имя с римлянинкой, останки которой, если я ничего не путаю, нашли похороненными вместе с учебником грамматики. На надгробии была надпись Гермиона Грамматикэ. Грамматикэ это прозвище, не фамилия, свидетельствующее, скорее всего, о том, что похороненная обучала грамматике и сильно гордилась этим своим делом. Какое амплуа у нашей Гермионы? Правильно, девочка-отличница, которая любит учиться.
У Гарри и Рона, так получилось, нет такого ярко выраженного амплуа, которое можно передать именем. Немного иная история связана с первым именем Вольдеморта: оно простое, но стоит рядом с говорящей фамилией "Рэддл", загадка, которая указывает на то, что не всё с этим Томом так просто. Полагаю, такое простое имя нужно было для того, чтобы максимально разграничить жизнь Вольдеморта на два периода.
Подводя итоги, можно сказать, что имена у Роулинг это чаще всё-таки литературный приём, а не просто ярлыки, раздаваемые согласно логике мира. У той же Тонкс, нечистокровной, мы видим сложносочинённое "Нимфадора", а у самых чистокровных Уизли -- простые, повседневные имена, свидетельствующие, как мне кажется об изящной простоте семейства. Нельзя, опять же, забывать об имени тети Поттера, Петунья, которое, насколько я понимаю, гораздо более редкое, чем Лили.
ВолЬдеморт? хммм.. странно, может Волдеморт?
На сколько я помню, Гермиона была "грязнокровкой", то есть, только один из её родителей был маглом, а второй волшебником, следовательно, такое имя вполне возможно. Если говорить про Гарри, то его родители не хотели привлекать внимание к сыну, и понимали, что он не простой ребенок. Поэтому и назвали обычным, магловским именем.
оба ее родителя не были волшебниками
В семье Уизли у всех тоже были вполне традиционные имена, да и Волдеморта звали Том. А Гермионе просто повезло с родителями, любящими оригинальность - в наше время дети с необычными именами не такая уж редкость.