Для примера: на странице в разных местах размещается 3 блока РСЯ (тип "flat", у каждого блока есть свой срез), получается что нужно три раза разместить одинаковый код скрипта вызова?
Да, нужно 3 раза разместить один и тот же код. Обратите внимание, если будете ставить блоки с асинхронной загрузкой, у разных блоков надо ставить разные значения: <div id="yandex_ad">div>, <div id="yandex_ad_1">div>, <div id="yandex_ad_3">div> и др.