Тогда ситуация понятна. Дело в том, что блок RTB стоит у вас через iframe, более того, через AdRiver. Мы крайне не рекомендуем использовать iframe и запрещаем использование сторонних SSP решений (Adriver, DFP, AdFox). Это прямо прописано в Правилах участия: http://help.yandex.ru/partner/terms.xml.
Поэтому, как ни неудобно отвечать вам этим на ваше же обращение - вам надо изменить способ показа баннеров RTB, вынув наш код из AdRiver.
Что же касается iframe вообще, то такое размещение не запрещено, но мы крайне не рекомендуем так размещать нашу рекламу. В таком случае блок РТБ приносит меньше денег, так как из-за iframe мы не можем использовать некоторые весьма эффективные способы показа рекламы. Кроме того, как вы правильно заметили - дублируются объявления в разных блоках. Это неизбежно при использовании iframe.
Прошу прощения, немного не в тему, но хотелось бы узнать когда RTB будет доступна в Украине для физических лиц? Мой сайт еще весной служба поддержки РСЯ одобрила, а перейти на прямое обслуживание Яндекса не могу.